الشهر، فلما زاد ضعفه عاد إلى مكة وكتب وصيته وأقر لبناته الخمسة الكبار الأشقاء من خاتون ابنة المحيوي عبد القادر بن علي بن أبي اليمن النويري المكي من مخلف أمهم الذي وضع يده عليه وهو ثمن أملاك باعها للدولة بألف دينار وغلال وصُرر بألفين، جملتها ثلاثة آلاف، ومصاغ أمهم لهن ولبناته الأربعة الباقيات من تسعة بألف وخمسمائة أشرفي ولجاريتي أمهما وثلاث بنات بثلاثمائة أشرفي. وعتق عبده الحبشي وأقرّ له بمائة أشرفي. جملة الجميع خمسة آلاف أشرفي، وجعل الخمسة البنات الكبار رُشّدًا والناظر عليهن قاضي القضاة التاجي المالكي، وزوّج الأربع البنات الصغار على أربعة من أولاد خاله شقيق أمه الشيخ برهان الدين إبراهيم بن أبي بكر المرشدي الحنفي وجعله وصيًا عليهن ما عدا واحدة منهن فجعل أمرها لأمها ابنة الخواجا أحمد بن أبي بكر الطهطاوي.
واتفق عند موته أن الدولة من الأروام وجماعة الشريف ختموا على حواصله في بيته ودكانه في الخان ولم يلتفتوا إلى وصيته لأجل غيبة أخيه المستوفي لمخلّفه بالقاهرة. وجهّز في ليلته وصلّي عليه عقب صلاة الصبح ودفن بالمعلاة على قبر أمه بالشعب الأقصى، رحمه الله تعالى وعفا عنه وجبر بناته وأثابهن وعوّضه الجنة بمنّه وكرمه.
شهر ربيع الأول استهل كاملًا بالسبت من سنة ٩٤٣ هـ (١٥٣٦ م)
وفي صبح يوم دفن الخواجا الحلبي وهو أول شهر ربيع الأول شرع وزير الهند المسند العالي آصف خان في تقرير جماعة من العرب والعجم في قراءة ربعتين أول النهار في الصباح وفي ظهره بالمدرسة المظفر شاهية - والد سلطانِه بهادر شاه - عند باب الصفا أحد أبواب المسجد الحرام في كل واحدة خمسة عشر نفرًا، ووقعت الزيادة على العشرين في كل منهما، وشيخ الحضور في الصبح هو شيخ الحضور