لكل نوع من الأنواع الثلاثة السابقة طريقته الخاصة به وكذا أنواعه التي تندرج تحته، مع العلم بأن الذي يستنسخ في النوع الأول هو الجينات المنقولة فقط، وذلك من خلال (نسخ) الخلايا الحاملة لنفس الجينات المستنسخة، ويستنسخ في النوع الثاني جينات الخلية المزروعة نفسها بانقسامها لتعطي مثلها، بينما يستنسخ في النوع الثالث جميع خلايا الجنين المطلوبة، وذلك بأحد طرق استنساخ الأجنة التي سنذكرها.
أولًا: الاستنساخ الجيني
يقصد بهذا النوع من الاستنساخ التحكم في وضع المورثات (الجينات) وترتيب صيغها الكيميائية فكًّا (قطع الجينات عن بعضها البعض) ووصلًا (وصل المادة الوراثية المضيفة بالجينات المتبرع بها) باستخدام الطرق المعملية، بحيث ينتج عن ذلك الحصول على الجينات الجديدة، ومن ثم يمكن أن نستنسخ منها (أي من الخلايا التي تحتوي على الجينات الجديدة) ما نريده.
استخدم الاستنساخ الجيني في تطبيقات الهندسة الوراثية، وقد بدأ الاهتمام به في عام ١٩٦٤ م، حيث أوضح العالمان (أبل) و (ترتلز) أن هناك أنواعًا من البكتريا لديها القدرة على استقبال مواد وراثية خارجية، وأنه يمكن لهذه المواد الوراثية (الجينات) أن تتكاثر داخل السيتوبلازم لتلك البكتريا، وفي عام ١٩٧٣ أعلن عن التناسل الذاتي لأول جين (الاستنساخ لأول مرة) ، وفي عام ١٩٧٤ تمكن العالم ستانلي كوهن من استعمال طريقة الترقيع الجيني Gene Splicing وهي ما تعرف بعملية التهجين الكروموسومي، حيث نقل قطع كروموسومية من الـ DNA للضفدع إلى بكتريا القولون، وفي نفس العام جرت أول مناقشة علنية لتجارب إعادة تنظيم المادة الوراثية (DNA) أو ما يعرف بالتقنية الهندسية للـ DNA، ومنذ أكثر من عشرين عامًا وعلماء الاستنساخ الجيني في تطوير دائم ومستمر لتطبيقات هذه التقنية، وقد حفلت معاملهم بالعديد من الإنجازات والفوائد للبشر كما أنها محفوفة بكثير من المخاطر التي لا يعلمها إلا الله سبحانه وتعالى.