أما نسخة الخزانة الوطنية بتونس رقم ٣٥٨٠، فهى تامة مكتوبة بخط شرقي، استخرِجَتْ من ميكرو فيلم بالخزانة العامة بالرباط، فجاءت صفحاتها دكناء تصعبُ قراءتها والاستفادة منها بسهولة، وتعتبر أقدم هذه النسخ من حيث إنها مذكور فيها اسم الناسخ، ومثبَتٌ فيها تاريخ النسخ بسنة ٨٧٨ هـ أي القرن التاسع الهجري على يد ناسخها محمد أبي الفتح بن محمد الحسني المدني بالقاهرة، المحروسة، طولها ٢٠ × ٥١، مسطرتها ٢٨، غير أنها مليئة بالأخطاء النسخية والإِملائية والنحوية، إضافة إلى ما هي عليه من صعوبة القراءة، كتب على صفحاتها الأولى تصويبُ نسبة كتاب ترتيب الفروق هذا إلى مؤلفه أبي عبد الله محمد بن إبراهيم البقوري، من طرف الشيخ عمر حمدان، تصحيحا واستدراكا على نسبته في أول صفحة من هذه النسخة التونسية إلى الفقيه محمد المقري رحمه الله.
والنسخة الثانية من تونس رقم ٦٧٥٥، هي كذلك نسخة تامة، مكتوبة بخط شرقي مقروء، طولها ٢٣ × ١٥، مسطرتها ٢٢، وهي تبدو قديمة، ولكنها بعد النسخة الأولى، حيث إنها مؤرخة النسخ بتاريخ صفر سنة خمسين ومائة وألف، على يد ناسخها محمد بن عبد القادر رحمه الله، وهي تبدو سليمة جدا من الأخطاء النسخية بالمقارنة مع سابقتها، وهي كذلك صعبة القراءة لكون صفحاتها دكناء، حيث استخرجت من ميكرو فيلم، وافاني به احد الاساتذة الافاضل من علماء تونس جزاه الله خيرا.
وبعد الاطلاع عليها كلها والمقابلة بينها أمكن لي من خلال هذه النسخ والمقارنة بينها أن أعتمد في التحقيق والتصحيح على ثلاث نسخ منها وأقتصر عليها.
نسخة الخزانة العامة، ورمزت إليها بحرف العين هكذا ع. ونسخة الخزانة الحسنية المكتملة، ورمزت لها بحرف الحاء هكذا، ح، وذلك لما يبدو على الأولى من كونها قديمة الكتابة، سليمة وقليلة الأخطاء، مقروءة ومصححة من طرف بعض العلماء كما يظهر ذلك من خلال الطرر الموجودة بهامشها، فاعتبرتها الأصل، واتخذتها النسخة الأولى، وقابلتها على نسخة الخزانة الحسنية لوضوحها وسلامتها، وقلة أخطائها، واستعنت - كلما استوقفتني كلمة أو عبارة في الكتاب -