لم يكتب أبو العباس المرسى تفسيرا للقرآن، يبتدئ فيه من أوله وينتهى فيه بنهايته، ولم يكتب مريدوه وتلاميذه تفسيره ولم يجعلوا له تفسيرا، وإنما اكتفوا بأن تفسيره مبثوث هنا وهنالك فى كتب الشاذلية.
وننقل هنا بعض نماذج من هذا التفسير الذى يسير فيه- طبيعيا- على المنهج الصوفى، ففي سورة الفاتحة أم الكتاب:
(سورة الفاتحة أم الكتاب) قال الله سبحانه: الحمد الله رب العالمين:
قال الشيخ رضى الله عنه: علم الله عجز خلقه عن حمده، فحمد نفسه بنفسه فى آزاله فلما خلق الخلق اقتضى منهم ان يحمدوه بحمده، فقال الحمد لله رب العالمين، أى قولوا الحمد الله رب العالمين، أى أن الحمد الله الذى حمد نفسه بنفسه، هو له لا ينبغى أن يكون لغيره، فعلى هذا تكون الألف واللام للعهد.