تُذكر للشيخ، وتبيّن لنا مدى التزامه بالمنهج السليم في البحث في تفسيره، وهو في طريقته تلك لا يعتمد على كتب التفسير فقط، وإنما يرجع إلى مصادر الحديث الشريف، ويأخذ منها.
* تفسير القرآن بأقوال الصحابة والتابعين:
من مصادره في التفسير بالأثر: ما روي عن الصحابة - رضي الله عنهم -، وخاصة ما جاء عن طريق ابن عباس "ترجمان القرآن". وقد اعتبر الشيخ محمد الخضر حسين أن تفسير الصحابة للقرآن يلي بالمكانة تفسير الرسول - صلى الله عليه وسلم -.
والنماذج التالية من التفسير تُظهر مدى اعتماده على هذا الجانب الذي يعتبر أحد أركان التفسير بالمأثور، حيث قال محمد الخضر حسين في تفسير قوله تعالى:{وَيَذْكُرُوا اسْمَ اللَّهِ فِي أَيَّامٍ مَعْلُومَاتٍ عَلَى مَا رَزَقَهُمْ مِنْ بَهِيمَةِ الْأَنْعَامِ}[الحج: ٢٨].
"ذكر اسم الله: حمدُه وتقديسه. والأيام المعلومات: الأيام العشر عند جماعة من الصحابة والتابعين، منهم: ابن عباس، والحسن البصري. وبه قال أبو حنيفة، وذهب جماعة، منهم مالك بن أنس وأصحابه، إلى أن الأيام المعلومات: يوم النحر، ويومان بعده ... والمعنى: يقدسون الله ويحمدونه شكراً على ما رزقهم من بهيمة الأنعام"(١).
* تفسير القرآن باعتماد أسباب النزول:
الذي يطلع على تفسير الشيخ محمد الخضر حسين يلفت انتباهه كثرةُ عنايته بأسباب النزول، ورفضُه اعتمادَ المفسرين على الكثير من الروايات