وهذه المرحلة من أخطر مراحل الدّعوة إذ تمّت المواجهة بين الدِّين الجديد ومعتقَدات الآباء والأجداد.
وتجلّت في هذه الفترة شجاعة الرسول -صلى الله عليه وسلم-، وصبر أصحابه على الأذى، ورفْض المساومة على الدّعوة، وتحمّل المقاطعة الاقتصادية والاجتماعية في شِعب أبي طالب، حتى أكلوا أوراق الشجر. وتخلّل هذه المرحلة هجرة بعض المسلمين إلى الحبشة، وخروج الرسول -صلى الله عليه وسلم- إلى الطائف.
المرحلة الثالثة: تبدأ من الإسراء والمعراج، حتى الإعداد للهجرة والخروج من مكة المكّرمة إلى المدينة المنورة.
ولقد اتّسمت تلك المرحلة بانتشار الإسلام بين أهل يثرب -الأوس والخزرج-، وبَيْعتَي العقبة الأولى والثانية، وما تمّ فيهما من عهود ومواثيق بين الرسول -صلى الله عليه وسلم- وأصحابه.
ولقد كانت أحداث الهجرة ووقائعها صورةً رائعة للإعداد الجيِّد، والتنظيم الدقيق المتقن الذي يأخذ بكلّ الأسباب، ثم يترك الأمور لله يُصرِّفها كيف يشاء.
المرحلة الرابعة: تبدأ من الهجرة وتأسيس المجتمع المسلم على ثلاث قواعد، وهي:
١ - علاقة المسلم بخالِقه، وذلك من خلال بناء مسجد قباء، ومسجد الرسول -صلى الله عليه وسلم- في المدينة.
٢ - توثيق العلاقة بين المهاجرين والأنصار بالمؤاخاة بينهم.
٣ - تأسيس العلاقة بين المسلمين وأهل الكتاب، من خلال عقد معاهدة بين المسلمين واليهود ونصارى نجران.